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一九三二年十月十五日晚，患病在家休养的陈独秀最后一次被捕。被捕后，打电报给国民党中央当局要求“严惩”、“处极刑”、“明正典刑”、“迅予处决”的，有新疆省主席金树仁、湖南清乡司令何健，以及国民党许多省、市、县、乡的“党部”等单位。同时，江西瑞金出版的“中华苏维埃共和国临时中央政府机关报”《红色中华》以“取消派领袖亦跑不了，陈独秀在上海被捕”为标题，幸灾乐祸地发表消息。这也许是三十年代初国共两党拥有的唯一共识吧。两个自称革命的政党都欲把这颗“中国革命史上光焰万丈的大彗星”(傅斯年语)除之而后快，真是耐人寻味。《红色中华》发表多篇社论，称“陈独秀叛党以后，投降到资产阶级去作走狗，充‘反共’先锋”。而《中央日报》亦发表社评，宣称“反对并图颠覆国民党者，即为叛国”。相映成趣。
“悠悠道途上，白发污红尘，沧海何辽阔，龙性岂能驯。”陈独秀是革命家而非政治家。政治家是无人格无人性无人情的，而革命家则是单纯而天真、固执而顽强的侠客和文人的结晶体，亦即葛兰西所说的“哲学的实践者”。陈氏在法庭上慷慨陈词：“弱冠以来，反抗清帝，反抗北洋军阀，反对封建思想，反抗帝国主义，奔走呼号，以谋改造中国，实现自由社会。”他的热情从未冷却，难怪比他小得多的胡适也羡慕他的“年轻”。学生傅斯年谈论世界大势，悲观地说：“十月革命本来是人类命运一大转机，可是现在法西斯的黑暗势力将要布满全世界，而所谓红色变成了比黑色势力还要黑，造谣中伤、倾陷、惨杀……我们人类恐怕到了最后的命运！”陈氏却坚定地说：“即使全世界都隐入了黑暗，只要我们几个人不向黑暗附和、屈服、投降，便能够自信有拨云雾而见青天的力量。”
《独秀文存》是本世纪中国最有魅力的文集之一。一九三九年，周恩来等劝陈去延安，当时中国中央想把陈弄到延安养起来，不让他在外边胡闹。但陈拒绝了。他说，大钊死了，延年死了，党中央里没有他可靠的人了，“他们开会，我怎么办呢？”结果不欢而散。中国领袖们没有读过《独秀文存》，他们没有看透陈独秀：谁也无法把他“养起来”。同样的道理，今天成千上万的被“养起来”的文人们，能指望他们写出什么样的文字来呢？
晚年在江津的生活是凄苦的，但却是自由的。蒋介石的资助被他拒绝，胡适建议他去美国写自传也被拒绝，他只接受北大同事和学生的帮助，晚年陈氏所做的有两件事：一是重估一切价值，“将我辈以前的见解，彻底推翻”。老人一般都是知错不改的，陈独秀却截然相反。他对早年所信奉的“主义”进行了全盘的反思和清理。这种否定自己的勇气是最可贵的。
另一项工作是语言文字学研究。陈氏最后一本著作是《古阴阳入互用倒表》。二十世纪后半叶，语言学在人文科学中成为显学，思想的突破首先在语言学中实现，若干思想巨匠都是语言学家，如维持根斯坦、海德格尔、福柯、罗兰。巴特、哈贝马斯……陈独秀选择语言学，并非陶渊明式的、寻找一条自适之路、一处温馨的桃花源，而是与他登上新世界的屋顶散发传单的行为一样——高屋建瓴。天地大气的分合汹涌，只有真正的“龙”才能体验到。整个二十世纪，中国人过的都是“虫”的生活，有几个称得上“龙”的人呢？