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抗战胜利后，陈寅恪再次应聘去牛津大学任教，并顺便到伦敦治疗眼睛，经英医诊治开刀，不仅无效，目疾反而加剧，最后下了双目失明已成定局的诊断书。寅恪怀着失望的心情，辞去聘约，于是1949年返回祖国，任教于清华园，继续从事学术研究。解放前夕，他到广州，拒绝了国民党中央研究院历史语言研究所所长傅斯年要他去台湾、香港的邀聘，任教于广州岭南大学。院系调整，岭南大学合并于中山大学。遂移教于中山大学。
解放后，他受到党和政府的器重和无微不至的关怀，先后被先为中国科学院社会科学部委员、中国文史馆副馆长、第三届全国政协常务委员等职（据《陈寅恪先生编年事辑》仅有中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长记载，并注明辞谢未就，荐陈垣代己。上述职务据《修水县志稿》），继续任中山大学教授。自1956年，陈毅、陶铸、周扬、胡乔木等中央领导人，都先后去看望过他。陶铸尊重他的学识和人品，1957年亲自关心他的助手配备和眼疾治疗。1962年，他的右腿折跌骨，又给他派护士轮班照顾，在广东知识界传为美谈。1962年，胡乔木前往看望，关心他的文集出版。他说：“盖棺有期，出版无日。”胡乔木笑答：“出版有期，盖棺尚早。”在助手的帮助下，他把《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史述论稿》、《元白诗笺证稿》以外的旧文，编为《塞柳堂集》、《金明馆丛稿》，并写有专著《柳如是传》，最后撰《唐柳堂记梦》。他的助手黄萱曾感慨地说：”寅师以失明的晚年，不惮辛苦、经之营之，钧稽沉隐，以成此稿（即《柳如是别传》）。其坚毅之精神，真有惊天地、泣鬼神的气概”。
十年动乱期间，陈寅恪遭到残酷折磨。使他最伤心的是，他珍藏多年的大量书籍、诗文稿，多被洗动。1969年10月7日在广州含恨离开人世。
陈寅恪长期致力于教学和史学研究工作。他热爱祖国，治学严肃认真，实事求是，在史学研究中写出了高水平的史学著作，为人们开拓了历史的视野，对我国史学研究做出了贡献。一直受到人们的崇敬。寅恪不仅为大史学家，旧体诗亦卓然大家。他佩服陶（渊明）杜（甫）虽爱好李白及李义山诗，但不认为是上品。他特别喜好平民化的诗，故最推崇白居易，在他论再生缘中所以有“论诗我亦弹词体”之句。有《诗存》问世。其平生著作，经过复旦大学中文系教授蒋天柱的整理、校勘，一套二卷、二百万字的《陈寅恪先集》已于1979年编纂成册，由上海古籍出版社出版。 治学理念
陈寅恪在1920年代倡导，为人治学当有“自由之思想，独立之精神”。1953年已决定其为中国科学院历史研究所第二所所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”遂不能就任。仍任教于中山大学。此事于20世纪80年代方公之于世。
关于“恪”的读音
按照商务印书馆出版的《现代汉语词典》（2002年增补本），“恪”应读作“克”(拼音：Kè)。但有资料表明，由于陈寅恪是客家人，而“恪”在客家话中有“quó”的，因普通话（时称“国语”）中无此音，于是到中国北方后，便被当然地称为“yínquè”了。因袭相承，并成为习惯。所以，有学者认为，“陈寅恪”应读作ChénYínquè。
不过，在使用汉语的人中间，知道这一点的人显然为少数，包括陈寅恪本人也并不追究。因而，在使用普通话时，仍不妨将陈寅恪的“恪”读作“克”(Kè)。况且，陈寅恪本人在1940年5月致英国牛津大学的英文亲笔信的署名是“TschenYinKoh”。