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沿江守将，望风尽走。后主向来懦怯，不谙军事，待到隋兵百万压境，后主才开始害怕，召萧摩诃、任忠等于内殿，商议军事。萧摩诃只是不说话。萧摩诃以后主私通其妻，全无战意。最后被擒降隋。隋军直入朱雀门。陈朝的大臣皆散走。后主身旁不见一人，只有袁宪站着没走，后主说：“朕从来待卿不薄，今众人皆弃我去，惟卿独留，不遇岁寒，焉知松柏？非惟朕无德，亦是江东衣冠道尽。”说完，遽欲避匿。袁宪劝说道：“北兵入都，料不相犯，事已至此，陛下去将何往？不若正衣冠，御正殿，依梁武帝见侯景故事。”后主不从，下榻急走：“锋刃之下，未可儿戏，朕自有计。”不知他有什么计？从宫嫔十余人，奔至后堂景阳殿，与张丽华、孔贵嫔三人并作一束，同投井中。隋兵入宫，执内侍问后主藏到哪里去了。内侍指井说：“这里。”里面漆黑一团，呼之不应，上面往下扔石头，才听到里面有求饶的声音。用绳子拉上来，士兵奇怪怎么这么重，本来以为后主体胖，出来后才发现后主与张丽华、孔贵嫔同束而上。隋兵皆大笑。据说三人被提上来时，张丽华的胭脂蹭在井口，后人就把这口井叫“胭脂井”。
贺若弼夜烧北掖门入，听说韩擒虎已捉住了陈叔宝，呼来视之，陈叔宝惶惧不堪，流汗股栗，向贺若弼求饶不止。贺若弼安慰说：“不要恐惧。”
晋王杨广素慕张丽华之美，私嘱高颎：“你进入建康，必找到张丽华，勿害其命。”高颎至，召张丽华来见，他说：“昔太公灭纣，尝蒙面斩妲己，此等妖妃，岂可留得？”即斩之于青溪。
后主至京朝见隋帝，文帝赦其罪，给赐甚厚。每预宴，恐致伤心，为不奏吴音。后来陈叔宝竟对文帝要求：“我还没有一个称谓，每回朝集，无法与人交谈，愿得一官号。”文帝后来叹息说：“陈叔宝全无心肝。”监者又说叔宝每日喝醉，罕有醒时。帝问饮酒几何，对曰：“与其子弟日饮一石。”文帝大惊，叹道：“随他罢，否则叫他如何过日？”杨坚是把陈叔宝作为一个皇帝来批评的，而在陈叔宝眼里，他做诗度曲才是正业，兴趣也全在这上头，而管理国家不过是他偶一为之的“副业”而已。才会在隋军兵临城下时，告急文书未曾开拆就被丢在床下；陈叔宝也完全忘却了一个皇帝起码的尊严，所以当隋军杀入宫中，他才会与张贵妃孔贵妃三人抱作一团躲在井里，以致隋文帝对一国之君如此不顾体面而大吃一惊。也许陈叔宝并不是“无心肝”，他只是从来就把自己当作一个风流才子，一个诗文骚客，亡不亡国，无所谓，皇帝的体面，更是无所谓的了。
陈后主的好日子就像玉树后庭花一样短暂，仁寿四年，死于隋大兴城，时年五十二岁。
魏征在《陈书》中评论陈后主说：“后主生深宫之中，长妇人之手，既属邦国殄瘁，不知稼穑艰难。初惧阽危，屡有哀矜之诏，后稍安集，复扇淫侈之风。宾礼诸公，唯寄情于文酒，昵近群小，皆委之以衡轴。谋谟所及，遂无骨鲠之臣，权要所在，莫匪侵渔之吏。政刑日紊，尸素盈朝，耽荒为长夜之饮嬖宠同艳妻之孽，危亡弗恤，上下相蒙，众叛亲离，临机不寤，自投于井，冀以苟生，视其以此求全，抑以民斯下矣。”清人袁枚对张丽华的评价总还公允：“结绮楼边花怨春，青溪栅上月伤神。可怜褒妲逢君子，都是周南梦里人。”《玉树后庭花》被称为“亡国之音”。后来就有了杜牧的《泊秦淮》：“烟笼寒水月笼沙，夜泊秦淮近酒家。商女不知亡国恨，隔江犹唱《后庭花》。”其实历史自有其向前的步伐，无论陈后主是否写不写“亡国之音”，隋文帝杨坚的一统大业还是要实现，而陈后主只顾享乐、不问政事的理国之举，是无法阻止历史车轮的前行的。