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党的十一届三中全会后，以邓小平为核心的第二代中央领导集体继承和发展了毛泽东、周恩来等老一辈革命家过去提出的思路，创造性地提出了用“一国两制”的方式来实现祖国和平统一的科学构想。
（一）“一国两制”构想的萌芽
新中国成立后，台湾问题是祖国统一问题中最突出的一个问题。解放后至20世纪50年代中期前，中国共产党和中国政府一直准备武力解决台湾问题。20世纪50年代中期后，党中央根据形势的变化，将着眼点放在了争取用和平方式解决台湾问题上。1958年10月6日和25日，中华人民共和国国防部先后发表毛泽东亲自起草的《告台湾同胞书》和《再告台湾同胞书》，对台湾问题“建议举行谈判，实行和平解决”。此后，党和国家领导人多次就和平解决台湾问题的方针政策进行了阐述，逐步形成了“一纲四目”的方针，成为“一国两制”构想的思想渊源。
“一纲四目”。20世纪60年代初，周恩来总理将毛泽东等党和国家领导人就和平解决台湾问题提出的一系列方针政策概括为“一纲四目”：一纲是台湾必须回归祖国；四目包括：台湾回归祖国后，除外交必须统一于中央外，所有军政大杈人事安排，均由蒋介石决定；台湾所有军政及建设经费不足之数，由中央政府拨付；台湾的社会改革可以从缓，待条件成熟后协商解决；双方互约不派人进行破坏对方之事。
（二）“一国两制”方针的形成
从十一届三中全会到20世纪80年代中期，在邓小平领导下，中国共产党和中国政府经过长期酝酿，提出并且全面阐述了用“一国两制”的办法和平统一祖国的战略构想。它首先是针对台湾问题提出来的，但首先运用于解决香港和澳门问题。
1979年1月1日，全国人大常委会发表的《告台湾同胞书》发出“和平统一”的呼吁，从此不再用“解放台湾”的提法，标志着祖国大陆对台湾的政策的重大发展。1981年9月30日，全国人大常委会叶剑英委员长发表谈话，具体提出了实现祖国统一的九条方针。这些虽然没有概括为“一国两制”，但实际上就是这个意思。1982年9月，邓小平在会见前来参加中英关于香港问题谈判的英国首相撒切尔夫人时，全面阐明了中国政府准备用“一国两制”的办法解决香港问题的立场。他指出，中国收回香港后，香港现行的政治、经济制度，甚至大部分法律都可以保留，当然有些要加以改革。香港仍将实行资本主义制度，现行的许多适合的制度要保持。邓小平这次对香港问题的重要阐述，表明“一国两制”的构想已经成熟，并正式对外公布。1983年6月，邓小平在会见美国华裔学者杨力宇时，进一步阐述了台湾与大陆和平统一的构想。1982年12月五届全国人大五次会议通过的《中华人民共和国宪法》明文规定，国家在必要时得设立特别行政区。从此“一国两制”开始成为一个具有法律效力的基本国策。