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大批饿鬼出现，木叶陷入前所未有的混乱。
稻荷神出现，二代火影召唤丰野云神对抗，不想，被护卫之中的团藏和另外一人偷袭，然后被拥有万花筒写轮眼的神秘人收走性命。
二代火影临死前以秽土转生之术召唤了三名忍者，其中一名放出木遁被打杀，另外两人凭借其中一人的万花筒写轮眼逃了出去。
道枝蓝对战恶鬼后，黑龙主动出现，往某个方向行去。
三人来到一个地宫，里面是饿鬼的源头，猿飞佐助，波风水门，旗木塑茂也在，三大强者一路无双杀到地宫底部，遇见了传说中的鬼王之一大岳丸。
大岳丸没有理会三大强者，看向了道枝蓝方向，惊喜地叫了一声天羽羽斩，道枝蓝顿时感觉黑龙力量暴涨并且对他们发动了攻击。
道枝蓝小队三人大战黑龙。
木叶三大强者大战鬼王大岳丸，大岳丸召唤天羽羽斩不至，久战之下，选择了自爆，三大强者倒地不起。
自曝存活的大岳丸狂笑准备收人头，黑龙化作一把黑色利剑飞穿而至，一剑刺入大岳丸心脏，大岳丸应声而倒。
临死前，大岳丸高呼，此乃不祥之剑，其主无人善终。
大岳丸死后，系统小萝莉偷偷收走了他的灵魂，三人将三大强者送回木叶医院，道枝蓝回到自己房间，再次呕吐出一枚白蛋，孵化之后，又是一个白蛋版大岳丸。
二代火影被确认死亡，三代火影开始竞选。
木叶再次顺着饿鬼去找，又找到第二个地宫和第二个大岳丸。
团藏率领根部自己人消灭了饿鬼和大岳丸我，名声大振。
团藏提出可能是克隆，应该试用基因药物对付那些饿鬼。
系统小女孩带领道枝蓝发现团藏自导自演的克隆真相，原来饿鬼和大岳丸都是团藏制造，道枝蓝拍照后准备退走，转身发现戴面具的神秘写轮眼拥有者。
对方与道枝蓝直接交手，道枝蓝唤醒手中天羽羽斩逃至外面，对方不惜暴露稻荷神，召唤出神明想要灭口。
道枝蓝抵抗不及，系统小女孩以青行灯姿态出现，展现不输稻荷神的强大神力，救下了道枝蓝。
其他木叶忍者赶来，神秘人无奈退走。
道枝蓝向木叶告知了一切，木叶冲入克隆基地，发现了事情真相。
团藏被神秘人告知计划失败，着手布置人员撤离，他们准备去一个传说中所谓生人之地的地方。
临走前，被根部另外一个负责人药师天善发现，两人杀死药师天善，并用一个克隆体取而代之。
团藏率部退走，木叶内战爆发，关键时候，宇智波富岳率领数百宇智波叛变，施展大型传送忍术与团藏一起退走。
留下的宇智波镜和宇智波止水被口诛笔伐，焦头烂额，镜失去参选资格。
猿飞日斩和水户门炎和纲手成为火影之位最后角逐者，纲手一看不行，引入了加藤断以及火之国贵族的参与。
猿飞日斩为了展示实力，也叫上了波风水门出来。
水户门炎本来想找旗木塑茂，结果被拒，宇智波镜找到他商谈了一夜。
水户门炎和宇智波止水找到道枝蓝，希望他能帮忙参选，壮大自己这边的声势。
道枝蓝看在止水面子上参选火影，因为揭露有功，没想到很多人愿意支持。
道枝蓝干脆打造了一个谋略忍者的形象，提出了许多木叶村的发展纲领，和水户门炎一起做了几场巡回演讲。
眼看水户门炎声势日盛，猿飞日斩急眼，开始模仿作秀，并且请出自己老爹支持。
猿飞佐助出场，很快凭借往日人情说服不少同辈，水户门炎爸爸死的早，一时节节败退。
最后，道枝蓝拿出证据，证明二代火影死亡真相，而和团藏一起偷袭之人就是猿飞日斩。
猿飞日斩认罪，道枝蓝当上火影。
五年后，神秘写轮眼拥有者火之迦具土用究极轮回眼驾驭天照、帝释天和阿修罗三名最强之神，宇智波斑驾驭伊岐那美和伊邪那岐，宇智波富岳三父子驾驭月读神。
与主角驾驭的超命大蛇女和波风水门驾驭的风神、自来也驾驭的丰云野神、旗木朔茂驾驭的雷神、猿飞新之助驾驭的大国主神、宇智波橙水驾驭的水神在高天原一战。
主角一方最终获胜，奠定了神明忍界的和平根基。