蓝星是一颗与地球相似的星球，它的大多数与地球相仿，与之不同的是其行星表面百分之八十都由海水组成。
蓝星十五世纪初，发展过剩的人类将目光从消耗殆尽的陆地转移至神秘的海洋，从此海洋成为了各个国家的争抢，交锋之地。
十五世纪至十八世纪中叶，海洋在付出了大量资源后仍未满足人类的欲望。
为了掠夺资源，人类将渴望化为木质帆船并过渡到钢铁巨舰，在上百年的战争中，无数的舰船因为野心埋葬于海底。
然而海洋一次次的容忍换来的不是喘息而是无限的伤痕，人类也忘记了她不像蓝星母亲一样盲目仁慈。
于是，大海发怒了，至今无人知道那些高达百米的恐怖怪物与可以使用舰炮的苍白少女为何出现在所有海域。
从北方寒冷至极的冰海到适宜人类居住，国家繁多的赤海，到处都有它们的身影。
起初，各个国家的政客以为这只是一次可笑的袭击或他国的实验废物，但短短半年的时间里，多个小型国家已经覆灭。
没人知道她们的目的是什么，见过它们的人统一将怪物称为深海，苍白的少女叫做塞壬，寓意着美丽的海妖。
在岌岌可危的状况下，仅存的国家放下互相的成见与矛盾，他们组成联盟并集结了所有舰队妄想一战将塞壬与深海消灭于大海之上，
正当他们幻想胜利之时，深入海洋的本该大放光彩的舰队却突然蒸发，留给人类的只有无线电里的一句:
“快逃，舰队无法击毁她们，……”
不到一个月的时间，满身伤痕的深海爬上海岸，它们覆灭了大多数的国家政府，
人类联盟就此解散。
正当人类绝望彷徨之际，一位少女自大海破浪而来，她用娇嫩的身体和袖珍的舰炮艰难的阻挡了深海的入侵。
随着战争的持续发酵，更多的少女加入战线，人类问她们是谁？从何而来？
她们回答说“自己从钢铁战舰的尸骸中诞生，在此苏醒是为了完成自己未完成的“保护人类”的使命”。
对此，人类亲切的称她们为舰娘，并赋予她们历史的名字与担当。
当最危险的时期出现希望时，内部隐藏的问题也开始爆发，因为舰娘的历史阵营不同，性格也不相符，稀有度，装备的不一致导致了许多矛盾的产生。
为了统一管理和帮助舰娘，仅剩的人类创立了名为碧蓝航线的组织（简称海事局），赋予其保护人类，帮助舰娘，开拓航线的使命与担当。
通过舰娘，人类运用智慧创造了黄鸡，一种只需要相应资源就可以快速建造装备与建筑的伴生物。