木叶四十八年，这个新年对许多家庭来说都充满阴霾，因为砂隐和木叶的大战波及到了更多的忍村和国家，倒是雨之国因为晓组织的震慑迎来短暂的和平。
就连几大国也不想这时再招惹晓组织，把人家逼到木叶的战壕里去。大野木也决定先伙同雷影对付木叶。
水门带着三代目风影和赤砂之蝎的尸体来到了川之国前线与砂隐对峙，揭露风影被暗杀的真相，与砂隐展开了旷日持久的停战谈判。
可是这时岩隐和云隐部队分别从草之国和汤之国过境，攻入了火之国的腹地，以摧枯拉朽之势推进到桔梗山城堡附近，大有联手宰割木叶的意思。
就连海外的雾忍也派出忍刀七人众带队登陆火之国，想要浑水摸鱼。
这时，药师野乃宇已经离开木叶医院，在桔梗山的战地医院工作。一日，她奉命参加一个小队，赶到远处一个山村，救治山洞里避难的村民。
忽然，有岩隐忍者突袭，大家被迫带着村民们躲入岩洞深处。小队的其他忍者被敌人拖住，生死不知。
岩洞中发生多处坍塌，药师野乃宇和其他人走散了，身边只有一个四五岁的失忆孤儿。
她也搞不清自己的位置，能找到的出路似乎都被塌方堵住了，她没有土遁忍术的才能，根本无法脱身，眼看就要被困死在洞里。
野乃宇坐在冰冷的石壁上，抱着被她取名为兜的懵懂男孩，犹豫着吃下最后一颗兵粮丸，终于想起什么，从忍具包里摸出一张奇怪的符咒，上面有一个传字。
她向其中输入查克拉，符咒似乎发出了一阵微光，照亮了漆黑的山洞，但是很快又隐没下去。就这样，她时不时地激活符咒，满怀希望地祈祷着。
与此同时，远在重吾道场的张彦感到传讯符震动，取出激活，只见符箓背面显出一个“药”字。原来是药师野乃宇的符咒。
张彦沉吟了一会，让小南叫大家收拾出发。经过几个挪移，来到木叶边境附近，一处他曾设置挪移符阵的地方，感知到求救的符咒还在木叶腹地。
他展开飞舟符，和小南一起向远处赶去。
同一时间，雨隐村的医馆中，漩涡香蒲从手术室走出，疲惫地回到办公室，捏着僵硬的脖子，身后角落忽然有人现身，一记手刀把她打晕带走。
长门到晚上才发现香蒲失踪，原地有一封信，让他找木叶赎人。他连忙用传讯符向张彦求救。这时，张彦才刚刚赶到药师野乃宇所在的山洞。
他感应了一下留在香蒲体内的定位符，发现正在火之国境内移动，便猜到自己中了调虎离山之计，于是让长门先往火之国的方向追踪，自己随后就到。
由于玉石之类在五行中属金，张彦和小南拿出一批金系符箓，移开坍塌的岩石。
眼见符箓用完，野乃宇还在岩体更深处，于是又画出几张金遁符，拍在自己和小南的身上。
两人如有穿墙术一般，直接融入岩石当中，向野乃宇所在处遁去，过了一会终于找到了因饥渴而昏迷的两人，把他们收入小洞天符中，再抓紧去追香蒲。
另一边，暴怒的长门终于追上，发现是一帮流浪忍者接了赏金任务来绑架香蒲。这时香蒲好像恢复了意识，突然出手制服了挟持她的忍者。
长门瞬身上前接应她，不料香蒲突然掏出苦无划向长门的喉咙。千钧一发之际，香蒲咬破自己的舌头，暂时清醒过来，用苦无插进自己胸口。
长门才发现香蒲被人控制了。看到伊人嘴角溢血软倒在地，长门仰天长啸，眼中三颗勾玉飞速旋转，化为一个黑红相间的螺旋，由五条纹路盘旋汇聚而成。
同时一个半身的紫色骷髅巨人包裹住两人，抡起双拳砸扁了一众流浪忍者。
就在长门因强行动用须佐能乎而视线模糊，头脑昏沉的时候，倒地的香蒲被黑色液体包裹，渗入了地底，很快便消失不见。
张彦和小南赶到的时候，就看到长门瘫坐在几块肉泥之间，睁着万花筒写轮眼，呆呆的望着天空。
张彦感应了一下，拍拍他肩膀说：“别太担心了，香蒲被带进木叶了，应该是团藏那家伙需要通过她掌握轮回眼。我马上想办法救她，保证还你一个完好的香蒲。”
小南也在一旁安慰道：“她的性命应该还好，对那些人而言，她活着才有用。至于其他的小手段，找回她以后，相信弥彦哥总能解决的。”