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送走石牛，萧峰一刻也没有耽搁，马上开始着手对战后日本的改造和清算工作。
他的目的很明确，主要有两条：一个是针对日本在战争中给世界，当然最主要是给中国和中国民众造成的灾难。进行彻底清算，具体来说就是对发动这场战争的日本战犯进行审判，追究他们的责任，让他们为自己的疯狂行为付出相应的代价；第二就是要从根子上彻底消除日本军国主义的土壤，消灭日本的战争潜力，使这个疯狂的国家永远也别指望象第一次世界大战后的德国那样，迅速重新武装起来，再次给亚洲和全世界造成巨大的灾难。
萧峰做的第一件事，就是彻底改造日本的各级政府和警察部队。因为不管是清算战犯还是阉割日本的战争潜力，首先都必须控制住日本的政局和治安，这是基础。
日本原来的各级政府就不用说了，那就是一个为日本军国主义横行世界保驾护航的后勤司令部，必须要把它们彻底改造。而日本的警察部队，战前是一个由东京的官僚们控制，为他们的统治服务的权力机构。而在这次战争期间，它又摇身一变，成为一个酷似德国纳粹盖世太保的恐怖组织，被用来镇压国内民众的反抗，煽动国民的战争情绪。
萧峰拿出的办法极其简单，却又直接、有效，就是要在很短的时间内，把日本各级政府和警察机构的管理系统来了大换血。
这时候，当初薛正伦在塞班岛俘虏的第四师团三千余名官兵，还有新唐国防军在以后历次战斗中俘虏的一些日军官兵，就派上了大用场。
萧峰这次到东京湾受降的时候，就把这些经过洗脑式改造，思想已经发生了巨大转变的日军俘虏全部带了到日本，现在他一声令下，这些俘虏们就迅速进入占领区的各级政府和各级警察机构中，进行全面接管。这其中，原塞班岛知事寺田雅雄摇身一变，成为日本战后的第一任首相，原日军新唐国攻略部队东路军总指挥小柳津正雄少将，则受命担任了战后日本第一任警察总长。
新唐国几年来始终坚持对这些俘虏的洗脑改造和专业训练，现在终于得到了丰厚的回报。这些在专业上训练有素、在思想上已经完全亲新唐国的俘虏们上台之后，没用多长时间，就彻底控制了新唐国占领区的政治和治安命脉，迅速稳定了原本乱糟糟的局势。
随后，按照萧峰的指令，寺田雅雄领导的新政府和小柳津正雄领导的新警察组织倾力合作，马上发起了席卷整个占领区的废除神道教运动。
神道教，是日本的国教，天照大神是神道教信仰的一个最主要的神祗，日本的历代天皇，则被宣扬为天照大神的子孙，是天照大神在人间的代表，受天照大神委托统治日本。
统治者为了说明自己统治的合法性，巩固政权基础，弄出一个神神叨叨的宗教，这种做法本来无可厚非，古往今来，世界各国的统治者莫不如是。但是在日本，这种情况却发生了偏差。
在日本明治天皇以前，神道教的作用也确实是被局限在上述两个方面。可是到了裕仁天皇这家伙上台，情况就完全不同了。经过这家伙的“辛勤”努力，神道教最终在他手中演变成一个教导民众誓死效忠他的工具，并把这种思想在二战中推到了巅峰。在整个二战中，日军官兵即使在形势极度不利的情况下，也誓死不降，动辄就是剖腹自杀，或者拉上对手同归于尽，这些愚蠢的行为，基本上都是因为受到那个誓死效忠思想的蛊惑所致。
萧峰非常清楚神道教的危害究竟有多么巨大，因而把它连根清除就势在必行。在这次活动中，日本新政府和新警察总局首先宣布神道教为非法宗教，然后就组织人力，把整个新唐国占领区六千余座神道教纪念碑、纪念神庙全部拆毁，这其中就包括后世臭名昭著的靖国神社。
随着这些纪念碑、纪念神庙的消失，各级主要神职人员的相继入狱，神道教这块滋生日本军国主义和右翼势力的最肥沃的土壤，被萧峰在占领区的土地上彻底铲除，而且永远也没有机会再生了。
在日本新政府和新警察机构被萧峰指使的团团乱转的同时，新唐国驻日占领军也没有闲着。
新唐国驻日占领军一共有一个陆军集团军和一个海军陆战军，外加海军的一个“中新”号航母作战群，总兵力达到十万余人，力量可以说是相当强大。
在萧峰的指挥下，占领军除了各地必要的驻守部队以外，其余的部队全部行动起来，在占领区各地展开挖地三尺的大肆搜索。他们把战争结束时日军储存或隐藏在国内各地的飞机、坦克、机枪、火炮等无数武器装备全部找出，或炸毁、或烧掉，或是直接扔进大海。日军遗留下来的海军基地和军用造船厂，也被全部摧毁，就连遍及占领区各地的军用机场跑道，也都被占领军用犁翻了起来，改造成良田。
据不完全统计，在短短几个月内，新唐国驻日占领军搜罗到并销毁的作战物资和基础设施，价值高达数十亿美元。从此，日本的战争潜力已经被基本清零，就算是萧峰现在给他们机会，短时间内也无法再武装起来了。
不过，尽管在清除神道教基础和日本战争潜力这两件事情上成绩斐然，但萧峰最关心、费心思也最多的的重头戏却不在此，他更关心的是另一件事——对日本战犯的清算和审判。
根据受降仪式前各国代表在雅加达达成的共识，在新唐国防军驻日占领军司令部挂牌的同时，远东国际军事法庭和远东国际军事检察庭也同时宣告成立。
这两个机构，由盟军新唐国驻日占领军司令萧峰、美军驻日占领军司令麦克阿瑟共同下令组建，法庭的十名大法官和检察庭的十名大检查官分别来自新唐国、中国、美国、苏联、英国、法国、澳大利亚、加拿大、新西兰和菲律宾。