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努尔哈赤又于天命五年正月十七日，修书回复察哈尔林丹汗的来信，指责他狂妄自大冒称“四十万之蒙古主”，讥讽其两败于明损兵折将，劝其勿受明之财帛，为利所诱而开罪于己。
努尔哈赤还试图削弱朝鲜与明国的关系，突破南边的包围圈。朝鲜国王一向紧跟明朝政府，轻视建州，并遵明帝之命，派都元帅姜弘立领兵一万三千余名，随明总兵刘铤，从东进攻赫图阿拉。天命四年三月初，努尔哈赤大败明军于萨尔浒时，逼迫姜弘文率兵五千投降，免死拘留，并于三月二十一日遣使致书朝鲜国王，自称“后金国汗”，列述“七大恨”，指责明朝欺侮建州和朝鲜，“明国皇帝要派彼之诸子到朝鲜和我国做国主，这个尼堪皇帝凌辱我等二国太甚”，劝说朝鲜背离明朝。虽然朝鲜回信，坚持亲明尊明政策，劝告努尔哈赤罢兵和好，仍尊明帝为君，自居属臣，但努尔哈赤并未罢休，继续遣使入朝，讲述己见，欲离间朝鲜与明国的关系。与此同时，努尔哈赤积极巩固内部，增强实力。天命四年六月，为便于用兵，于界凡筑“行宫”及八旗贝勒、大臣、兵士住房，迎汗和诸贝勒福金来此居住，十六个月后又迁居萨尔价，一步一步逼近明境。
天命五年三月，努尔哈赤第一次制定“论功序爵”的制度，援用明朝官称，设总兵官、副将、参将、游击，均分为三等，大体上原来任固山额真之人即为总兵官，梅勒额真为副将，参将、游击为甲喇额真，原来当牛录额真的，一律为备御。从总兵官至备御，皆为世职。另外，每牛录下，设千总四员。这对鼓励八旗官将效忠于汗为国出力，起了相当大的作用。
天命五年六月初四日，努尔哈赤命竖二木于门外，下令说：“凡有下情不得上达者，可书诉词悬于木上，吾据诉词颠末，以便审问。”这一措施，有利于体恤民隐，主持公正，使下情有可能上达于汗。
同月，努尔哈赤第一次派遣人丁，“往东海煮盐”。建州女真地区素不产盐，一向依靠“抚赏”、“告讨”，从明朝边臣手中领取十斤八斤二十斤盐，十分困难，以致相当多的女真人长期没有盐吃，包衣阿哈常因无盐食而离主逃走。这次煮盐，效果显著，不久便运回一二十万斤，“于国内按丁给与”，在一定程度上缓和了食盐供应极为紧张的局面。
天命五年九月，努尔哈赤处理了皇族内部纠纷的重大案子，第一次提出了“共治国政”的制度。相当长的时间里，二贝勒阿敏厌恶其异母之弟斋桑古贝勒，大贝勒代善虐待前妻之子硕讬贝勒，关系十分紧张。九月初三日有人首告斋桑古、硕托欲叛逃明国，十三日努尔哈赤与诸贝勒、大臣议定，“发兵堵截通往明国之路”，当晚将二人拘留监禁，代善、阿敏向汗奏乞，欲杀二人。二十日努尔哈赤断定斋桑古、硕讬是与其兄其父不和而出怨言，并非叛逃，下令释放。随即查明，代善不将“良好僚友、国人”分与前妻之子岳讬、硕讬，并诬告硕讬与己二妾通奸。努尔哈赤大怒，严厉谴责代善，愤怒指出这种听信后妻谗言欲杀亲子之人，“哪有资格当一国之君，执(掌大政)！”立即当众宣布：“先前(欲使代善)袭父之国，故曾立为太子，现废除太子，将使其专主之僚友、部众尽行夺取。”二十八日，代善亲手杀死继妻，遣人向努尔哈赤奏请，要求“若蒙父汗不处死刑而得再生”，希望允己叩见请罪。努尔哈赤表示了宽厚的态度，并令代善与诸弟立誓缓和关系。代善对天发誓，今后“不再为非”、怀抱怨恨。八和硕贝勒、众大臣“亦立誓书”，指责了代善的过失，宣布“立阿敏台吉、莽古尔泰台吉、皇太极、德格类、岳讬、济尔哈朗、阿济格阿哥、多尔衮、多铎为和硕额真”，规定新汗“不得恣意横行”，不能出于一己私怨而贬革勤理政务的和硕额真。如果某一和硕额真犯有扰乱政务的罪行，则由另外七旗和硕额真集议裁处，该罚则罚，该杀则诛。代善虽被革除太子，但仍旧统辖原有的正红、镶红二旗，仍居四大贝勒之首，佐理国政，统军出征。后金统治阶级的内部矛盾，有了较大程度的缓和。
天命六年闰二月十六日，针对阿哈遭受奴隶主虐待而反抗逃亡的情况，努尔哈赤下达“汗谕”，劝诫家主“宜怜阿哈”，“阿哈应爱主”，“双方应该相互慈爱”。他要求阿哈将“耕种田地之谷”全部交与家主，主人家中要多织布，供给阿哈衣服饭食，如果家主不“善养”阿哈，阿哈“以衣食为劣而上诉后”，“则从虐养之主取之，转而给与善养之主”。努尔哈赤发布这一汗谕，是企图在大举攻明前夕，缓和奴隶主与奴隶之间尖锐的阶级矛盾，巩固和维护后金国中占居主导地位的奴隶制生产关系。
在政治、经济、外交、军事等诸方面，做了充分准备之后，努尔哈赤利用明朝辽东旧经略熊廷弼被罢革新经略袁应泰不谙兵法的好机会，决定进攻沈阳、辽阳，发动了明金(清)之间的第二次大决战。
明天启元年(天命六年，1621)三月十日，努尔哈赤亲率大军出发，十二日晨到达沈阳，在城东七里河的北岸筑造木城屯驻。沈阳“城颇坚，城外浚壕，伐木为栅，埋伏火炮”。城外挖有与人身相等的陷阱十道，井底密插尖木桩，陷阱之后挖有四道大壕，尖桩密布，又树立大栅栏，沿内壕排列楯车，每车安放大炮二门小炮四门，两车之间又置大炮五门。奉集堡、虎皮驿亦皆开河建闸，修缮坚固，与沈阳成为犄角。
沈阳城内有贺世贤、尤世功二总兵官，各将兵万余，总兵官陈策、董仲揆引川浙兵一万余正自辽阳来援，守奉集堡总兵李秉诚、守武靖营总兵朱万良、姜弼亦领兵三万来援。按军队总数而言，明国稍占优势，兼之沈阳城坚濠宽堑深，枪炮众多，明军如果据城死守，是很难攻克的。
努尔哈赤知悉单凭硬攻，以弓矢对枪炮，以人力攻坚城，是难以奏效的，如战事拖延，陈策、李秉诚等四万余军队及其他援兵赶到之后，腹背受敌，局势便十分险恶了，遂临机应变，果断决定诱敌出城，发挥己军善于野战的长处，设下埋伏，乘机歼敌。三月十二日，努尔哈赤先派数十名骑兵“隔壕侦探”，被总兵尤世功家丁追击，死四人。勇猛寡谋的总兵贺世贤“勇而轻，谓奴易与”，遂改变了原来“固守”的方针，“决意出战”。第二日，努尔哈赤又遣少数老弱士卒挑战，贺世贤饮酒大醉，率家丁千余出城，夸下海口说，要“尽敌而反”。金兵“诈败”，世贤中计，“乘锐轻进”。一入伏中，后金“精骑四合”，将明兵重重包围，奋勇砍杀，大败明兵。世贤“身中四矢”，且战且走，退至城边，因吊桥绳索被努尔哈赤数月前派往城中诈降的蒙古、女真人砍断，不能入城。八旗兵追至，击杀贺世贤及来援的尤世功，冲入城内，打下了号称金城汤池的沈阳重镇。
此时，明总兵陈策等率川浙兵来援，刚至浑河，川兵渡河，营于桥北，浙兵在桥南，营寨尚未安好，努尔哈赤乘机率军猛攻，先消灭了桥北川兵，随即击败朱万良、姜弼来援的三万明军，紧接着又歼灭桥南浙兵。一日之内，努尔哈赤统率八旗健儿五、六万，鏖战四次，将七万余明军各个击破，攻克沈阳，创造了军事史上集中兵力击败优势敌军的光辉战例。
努尔哈赤屯兵五日，论功行赏，三月十八日集诸贝勒、大臣定议，进军辽阳。
三月十三日沈阳一失，辽阳危如累卵，城中“兵不满万”，又“身无介胄，器不精利”，辽东“战将劲兵”，一半损于沈阳之战，一半在各地应援。如果金兵于十四日飞驰进击，当天即可轻取辽阳。明经略袁应泰、巡按张铨利用努尔哈赤的迟延和失误，飞速征调援军，撤虎皮驿、奉集堡兵回辽阳，五天之内，凑集了十三万大军。
三月十九日午时，努尔哈赤率军进至辽阳城东南角，当天晚上，于城南七里安营扎寨。此时，论兵数，明倍于金。讲地形，明防守，得地利。辽阳城十分坚固，“城高厚壮，屹然雄峙”，城外挖濠三道，每道宽三丈、深二丈，濠外复筑大堤潴水，又引入太子河水，灌满护城深壕。辽阳有上万门大炮，其中七门，各重一千余、二千余、三千余斤，一发可毙敌数百，威力很大。《武皇帝实录》卷三记述辽阳守备情况说：“(明臣)放代子河水于壕，塞其西闸，内列火器于城上，排兵四面，守御甚严。”朝鲜文献甚至记述了后金军望城生畏的情形，指出：“(八旗军)至辽阳，望见城池险固，兵众甚盛，虏皆意沮欲退。”如果明经略袁应泰调度有方，凭坚死守，辽阳是不会轻易失落的。
努尔哈赤看到明军守备甚严，决定避免硬攻，力争智取。他首先严正宣布必战、死战的决心，声色俱厉地谕告众人说：“一步退时，我已死矣。你等须先杀我，后退去”，并立即“匹马独进”。这种无所畏惧的英雄气概，对八旗官兵发挥了强烈的影响，促使他们知难而进、转怯为勇。
努尔哈赤再次运用发挥所长制敌所短的正确战术，决定诱敌出城，引入伏中，以便合歼敌军，同时又派遣“细作”，混入城内，待机内应。三月十九日，他先差少数人马横渡太子河，诱骗敌人，明军果然中计了。明经略袁应泰本来已和诸将议定，“畏敌多，主守”，现在看见后金兵马太少，“其骑可数”，遂因“见贼少而主战”，亲督侯世禄、李秉诚、梁仲善、姜弼、朱万良五总兵，率兵出城五里，在教场扎营。明兵忽守忽战，军心不定，努尔哈赤乘机指挥军队，“奋力冲杀”，“明兵大溃而死”，“军败多死”。第二日，三月二十日，努尔哈赤亲督士卒猛攻，鏖战多时，明兵又败。三月二十一日，努尔哈赤领军乘胜进击，原先派入的“奸细”从中内应，遂攻下辽阳，袁应泰自尽，张铨被俘，不屈而死。
努尔哈赤带领八旗贝勒、大臣，进入城内，驻于经略衙门，谕令汉人归顺，辽河以东的宽甸、海州、耀州、盖州、镇江、熊岳、复州、汤站、武靖营、长宁、长静、三河、十方寺、永宁、镇夷、威远、孤山、甜水站、草河、奉集、平虏、蒲河、懿路、鞍山等七十余城官民“俱削发降”。
天命六年四月十一日，努尔哈赤召集诸贝勒、大臣，商议是否迁都于此？他们都主张回到建州，不愿留住辽阳。努尔哈赤断然拒绝了他们的建议，责备诸子目光短浅，没有雄心壮志。他强调指出：承蒙皇天眷佑，艰苦创业获得成功，降服了辽河以东地区，如果回到故里，辽阳必为明国收复和固守，逃散于山谷的城堡人丁便摆脱了后金的统治，“弃所得之疆土而还国，必复烦征讨”，皇天如此“喜爱之地方”，焉能抛弃！他谕告诸子要胸怀大志，并语重心长地说：“今我兴兵，为尔等众子创立大业。诸子，尔等焉能说不能呢！”于是，诸贝勒、大臣一致回答说，“此言诚然”，遂定议迁都辽阳，派人迎接汗之福晋和皇子，将建州地区人丁移驻辽东。努尔哈赤这一决策，对促进后金的发展起了重大的作用。
天命七年正月十八日，努尔哈赤统领八旗劲旅，西征明朝辽东重镇广宁。虽然明在关外有军队二十万，两倍半于金军，而且火器众多，但努尔哈赤并不畏惧，二十日即渡过辽河，进围西平，二十一日午时猛攻克城，并随即与十万明军鏖战于沙岭，斩杀辽东总兵刘渠、援辽总兵祁秉忠，大获全胜，明辽东巡抚王化贞弃广宁城匆忙逃遁。正月二十四日，努尔哈赤领军至广宁，明游击孙得功等率士民执旗张盖奏乐叩降，迎入城中，驻巡抚衙门。平阳、西兴、锦州、大凌河、右屯卫等四十余城官兵俱降。二月十七日，努尔哈赤命诸贝勒统兵留守广宁，将锦州、义州等处官民迁于河东，回归辽阳。
明天启元年(天命六年，1621)三月后金军进驻辽东以后，努尔哈赤面临着截然不同的新形势，即在长期封建化的汉族地区，确立和巩固后金国的统治，因而必须解决新出现的许多难题。比如，辽河东西主要是汉族居住，不管是生产关系、政治制度、文化传统，还是生活方式、风俗习惯、服装发式，以及语言文字、相貌性格，与满族都截然不同，对他们怎样管辖，怎样剥削？满族人丁移居辽东后，怎样安置，是固守旧俗，还是改行汉制，或是另行他法？辽东及其附近，有相当多数量的蒙古部落，对他们采取什么样的方针和政策，满、蒙、汉之间的关系，是什么样的布局？辽东地区人丁大减，民不宁居，田地荒芜，社会混乱，怎样安定，怎样恢复？明廷大调兵马，广修城堡，抢运粮草，赶制火器甲仗刀箭，力图挽救辽东危局，守住宁远、锦州，确保山海关内安全，并屡派密使，潜入辽东州县，联络反金人员，策划武装反抗和大批外逃，以扰乱金国，牵制其兵力，进而伺机出兵，收复失地，此情此策，如何对付。
特别是辽东汉民的激烈反抗，怎样处置？自从天命六年三月后金军进驻辽东以后，八旗贵族官将大量掠民为奴，扩大奴隶制剥削范围，激怒了长期反抗封建制度的辽东军民，他们不顾汗、贝勒的残酷镇压，铤而走险，英勇斗争。
就在三月二十一日辽阳失陷金兵夺据全城的恶劣处境下，广大辽阳城民便针对后金贪婪抢掠的恶习，“放火焚家，锅、瓮、窗纸，尽皆毁坏”，以示抗议。
镇江古河屯民陈大等，“不受伪命”，刺杀后金所遣招降金州、复州、海州、盖州四卫的宽奠参将陈尧道、守备郭彦光、吕端，“聚集三千人，歃血共盟”。马虎山任九、锡头山金国用、马头山崔天泰、卓山王思绍等，以及“东山矿徒”，不肯降金，“各聚众以待大兵(明兵)”。盖州生员李遇春等，聚“矿徒二千余人以守”，击杀后金所派劝降使者。
辽东兵民大批出走，逃离金国辖区，避居沿海岛屿及进入朝鲜的，有数十万人，逃入关内的更多，天命七年，已达二百八十余万人。
反金的武装斗争，风起云涌，绵延不断，五年内(1621—1626)，已经发生和正在积极准备进行武装反抗的州县有辽阳、海州、鞍山、耀州、盖州、复州、岫岩、叆河、新城、金州、镇江、清河、抚顺等地，基本上遍及后金全部辖区。辽民还采用了其他方式进行斗争。有的秘密投放毒药，欲图毒死汗、贝勒和八旗官兵；有的违犯禁令，私藏兵器，不按规定上缴武器，为兴师起义作准备；有的蔑视汗谕，收留逃亡的兵民和阿哈；有的想方设法，打死为非作歹的八旗官兵，惩治欺压人民的暴徒。
正是由于辽东兵民和满族阿哈强烈反对野蛮的奴隶制和八旗贵族的奴役，“不定居，常逃走，从事奸细”，频繁起义，大批逃亡，造成了“叛逃甚多，乱”的局面，使得后金国中城乡不宁，境内混乱，严重地威胁到后金的统治。
面临着复杂的危险局势，努尔哈赤果断地确定了承认辽东汉民原有的封建制、陆续缩小满族奴隶制并促进其向封建制过渡的方针，及时地推行了“各守旧业”和“计丁授田”等过渡性质的新政策。
天命六年四月初一，即金军攻下辽阳后的第八天，努尔哈赤谕劝海州、复州、金州民归降时，正式提出了对待辽民的“各守旧业”政策。他下达汗谕说：对经过“死战而得获之辽东城民，尚皆不杀而养之，各守旧业”，使辽民“皆各出其力，经商行贾，美好水果，各种良物，随其所产，此乃长远之利矣！”过了一个月，他在谕劝镇江民降顺时又指出：不会因镇江民杀死遣往劝降的后金官员，“而将此处之民俱皆杀戮，此处所出口粮尽皆丢弃”。“我方以民缺少为恨”，辽民应快归顺，则“各守其宅，各耕其田”。此后又多次重申这一政策。
按照这一政策，辽东兵民可以各自保有自己原来的祖业，各自从事先前从事的行业，因此，地主的田地房宅仍旧归其所有，他人不得侵占，原来经商开店的，照样能够购进货物，打造器具，出售获利，富家大户仍旧可以雇佣工人，招佃耕种，收取租谷，而原来的佃农，还得租种地主庄田，雇农仍为东家效劳，帮工、学徒依然要在老板作坊店铺中出力。这就意味着，辽东地区的新主人金国英明汗努尔哈赤，承认了这个地区过去各行各业的旧传统、旧的产权形式、旧的经营方式，即承认了辽沈地区汉民中的封建生产关系可以延续，并保障封建制，甚至还在一些地方恢复封建制的剥削方式。
紧接着，努尔哈赤又宣布实行“计丁授田”政策。天命六年七月十四日，努尔哈赤颁发分田汗谕，命于海州地方取无主之田十万日(一日为田六亩或十亩)、辽东地方取田二十万日，分给八旗兵丁和汉民，一丁给与种谷之田五晌植棉之田一晌，“均行给与”，“乞丐、僧人皆分与田，勤加耕种”。同年十月初一日，他又降谕汉民说：辽东五卫之人和海州、盖州、复州、金州四卫之人，令种无主之田三十万日。此后，多次将田地授与满汉人丁。在授与汉民的土地上，基本上是延续了过去辽民的封建生产关系。