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章太炎的经学研究，兴趣在于《春秋》，自变法运动夭折直至辛亥革命从日本归来，十余年间"独抱《春秋》"。章太炎研究《春秋》一方面是"夷夏之辨"，另一方面也有现实政治的需要，那就是批驳康有为、皮锡瑞等鼓吹"孔子改制"说，为现实政治服务。他认为东汉经学家郑玄定《王制》成书于周赧王之后，是"暖昧"不确之论，认为《王制》出自"汉文帝时使博士刺六经为之"；他运用乾嘉汉学家考证的方法，指出《周礼》三百六十官，是官号而非只三百六十人，同一官号"有正有二有考"。章太炎对《王制》制作的批评，对《周礼》的考证，表面是学术之争，实质是驳斥今文学者力主《王制》为孔子改制的根据，借孔子以言"改制"立宪。因此，章太炎研究《春秋》，是汲取《春秋》中的思想材料，阐发自已的政治思想。
除《春秋》之外，对《周易》也有论述，如他认为"《易》当殷末，故事状不及周世"，并根据《易》传中"易之兴也，其于中古乎"，断定《周易》的作者"为文王则明矣"。这显然是针对今文学者视《周易》为孔子所作的观点研发。此外，章太炎对〈礼》也有研究，尤其是对《丧服》花了很大的功夫，章太炎对《周易》与《礼》经的研究，虽也夹杂着他对现实社会的理解，然而与《春秋》研究相比较，则已明显远离激烈的现实政治斗争，几为纯学术的研究。晚年的章太炎不满于"五四"新文化运动所倡导的内容，潜心经学研究，公开提倡"尊孔读经"，在苏州主持"章氏国学讲习会"，再度走上了当年研究古文经学的老路。
章太炎博通群经，著述繁富。主要著作有：《尴书》、《古文尚书拾遗》、《春秋左传读叙录》、《春秋左氏义问题》、《刘子政左氏说》、《广论语骈枝》、《新出三体石经考》、《说文部首韵语》、《文始》、《国故论衡》、《太炎文录》等，后人编有《章氏丛书》、《章氏丛书续编》、《章氏丛书三编》，自1982年起上海人民出版社陆续出版《章太炎全集》。