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进入新世纪，两岸关系得到进一步的蓬勃发展，特别是2005年4月、5月和7月，国民党主席连战、亲民党主席宋楚瑜和台湾新党主席郁慕明先后率代表团访问大陆，分别开启了“和平之旅”、“搭桥之旅”、“民族之旅”，台湾社会掀起了新一波“大陆热”，两岸民众的相互理解与信任也明显加深。中共中央总书记胡锦涛在与他们的会谈中，在坚持“一个中国”原则基础上，就共同促进两岸经济全面交流，早日实现全面、直接、双向“三通”，加强投资与贸易往来与保障，进行农渔业合作，改善交流秩序，扩大两岸人才交流等方面达成共识。
连、宋大陆行的后续效应。台湾东森电视台的一项民意调查显示：对于连、宋访问大陆是否对两岸的和平有帮助，持肯定态度的民众从4月27日的50.5%上升到了5月14日的61.4%。5月14日的民调还显示：有56%的台湾民众对连、宋访问大陆所取得的一系列成果表示很满意。《中国时报》的民意调查，连战结束大陆行回到台湾以后，国民党的支持率大幅上升，已从4月底的25%增加到了5月初的31%；而宋楚瑜的大陆行也为亲民党的支持率贡献了5个百分点，从6%增加到了11%。但在这半个月里，民众对民进党的支持率却可谓连创新低，由4月30日的40%降为5月3日的28.9%，再降到5月14日的23.6%。而变化多端的陈水扁，其个人声望也明显下滑，台湾民众对他的不满意率由37%增加到50%，创今年的最高。
熊猫“团团”和“圆圆”。大熊猫是中华民族的瑰宝，深受海内外中华儿女和全世界人民的珍爱。多年来，大陆同胞一直怀有向台湾同胞赠送大熊猫的心愿，许多台湾同胞也不断表达能够在台湾亲眼目睹大熊猫风采的期待。2005年5月3日，在中国国民党主席连战访问大陆和亲民党主席宋楚瑜即将来访之际，中共中央台办、国务院台办主任陈云林受权宣布，大陆同胞将向台湾同胞赠送一对象征和平团结友爱的大熊猫。随即，《人民日报》、中央电视台等六家媒体承办了“赠台大熊猫乳名征集活动”，约130多万人共推荐了7万多对名字。2006年春节晚会上，亿万观众通过短信等投票决定将赠台大熊猫命名为“团团”和“圆圆”。“可爱的大熊猫要来台湾了”的消息一经公布，立刻在台湾岛内掀起一股“大熊猫热”。有近70%的民众认为台湾当局应该接受大陆赠送的大熊猫。遗憾的是，台湾当局违背民意，以种种借口阻止大熊猫赴台，使“团团”和“圆圆”的海峡之行至今未能实现。
（二）坚决同“台独”势力的分裂活动作斗争
在海峡两岸关系取得长足发展的同时，20世纪90年代以来，特别是2000年一贯主张“台独”的民进党上台以来，台湾当局逐步背离“一个中国”原则，极力推行以制造“两个中国”和“一中一台”为核心的分裂政策和“台独”政策，严重损害了祖国的和平统一的进程，危害了中华民族的根本利益。
中国政府和中国人民对台湾当局猖镢的分裂和“台独”活动一直保持着高度的警惕，并进行了坚决的斗争。在舆论上，针对每一次台独分子的分裂言行进行深入的掲批，沉重地打击了他们的嚣张气焰。在政治上，主要是通过政治渠道向台湾当局发出明确警告，并中止与台湾方面的半官方接触。1995年和1999年，海协会两次中止了与海基会的“汪辜会谈”的预备性磋商。中央台办、国务院台办也多次发表了措辞严厉的讲话，严正警告台湾分裂势力立即停止一切分裂活动。在军事上，加紧军事准备，运用武力对分裂和“台独”势力进行震慑。人民解放军于1995年7月、8月、11月和19%年3月在台湾海峡进行了4次军事演习，沉重地打击了台湾的分裂势力。在外交上，与所涉及的国家进行严正交涉，提出强烈抗议，世界上绝大多数国家表示要在一个中国的框架内对待台湾问题。特别是2005年3月14日，十届全国人大三次会议表决通过了《反分裂国家法》，对促进两岸关系发展、推进两岸和平统一、反对和遏制“台独”分裂势力及其活动、维护国家主权和领土完整发挥了重大作用，产生了深远影响。
祖国大陆“反台独”、“反分裂”的坚决斗争，沉重打击了岛内分裂势力，也使越来越多的台胞进一步认识到：“台独”是极大的祸害，“台独”这条路不能走也走不通，分裂活动伤害了台湾的社会安定和经济发展，因而要求发展两岸关系的愿望更为迫切。