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官僚队伍之中党派林立，门户之争日甚一日，互相倾轧，东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。在东林党争无休无止之时，由于郑贵妃之子福王常洵坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。
福王之国洛阳刚刚过了一年，万历四十三年五月初四日酉时，发生了一起令人匪夷所思的闯宫大案。作案的是一个名叫张差的蓟州男子，居然通过了重重宫禁，持棍闯入太子居所慈庆宫，打伤了守门太监，惊吓皇太子常洛，但被及时赶到的太子内侍韩本用当场抓捕。事发后，案件进入审理，却因陷入复杂的政治漩涡斗争而如堕迷雾。起初，皇太子也以为“必有主使”，朝野宣沸，矛头指向皇位争夺者郑贵妃。郑贵妃一再指天发誓，自明无他。皇帝见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人。并特地为此于同月二十八日，一反常态且二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场。之后人们将这起迷案称之为“梃击案”。
万历四十六年，域外大金天命三年，努尔哈赤以大明偏袒叶赫部为契机，颁布“七大恨”，公然起兵反明。次年，万历四十七年三月，天命四年，萨尔浒战役爆发。杨镐率领的明军分四路大军围剿女真，却因情报泄露，被努尔哈赤“凭尔几路来，我只一路去”，各个击破，四路大军三路全军覆没，惨败内撤。抚顺关外，满眼望去尽是明军的尸山血海。经此一役，明军再无平灭女真之力。
自四十六年九月起，朝廷先后三次下令向全国征缴田赋，称之为“辽饷”。又因盗匪四起，叛军丛生，征缴“剿饷”“练饷”，合称为“三大饷”。繁重的赋税压得老百姓喘不过气来，民怨沸腾，各路反叛军、起义军连番揭竿而起，压下葫芦浮起瓢。老皇帝郁郁寡欢，愁眉不展。
万历四十八年三月，在位四十八年的皇帝一病不起，七月二十一日崩卒。皇太子常洛继位，改年号泰昌。十日后，刚继位的新皇一病不起，鸿胪寺丞李可灼献红丸，自称仙丹。皇帝服下，气色好转。然而三日后，皇帝因服下一枚并非御医敬献的红丸，大泻而暴卒。朝廷因此追查此事，东林党借机伐异，牵连起国本之争与当年的梃击案，方从哲、李可灼、崔文升等一众重臣成为众矢之的，整个朝野甚嚣尘上。此案称“红丸案”，真相同样湮灭在无休无止的党争之中。
就在这乱糟糟的年份里，泰昌帝长子由校继位，改年号天启。与此同时，泰昌帝生前宠爱的李选侍妄图控制新帝巩固自己的地位，御史左光斗、给事中杨涟等倡言移宫，几经冲突、争执，又引发强烈的党争，众多官员被牵涉其中。最后李氏被迫移居仁寿殿，此案称“移宫案”。
三大案，使得“党同伐异”成为了整个朝野的风气，党争已成大气候。在这样的局势下，年仅十六岁的天启皇帝，一登基就做出一连串令人费解却又在情理之中的表现。他封其乳母客氏为奉圣夫人，又纵容客氏的姘头、内监魏忠贤干政。这魏忠贤，就是当年孟旷等人几经查找却不曾查到的那个蛊惑赵家老仆之子骗到孟家秘密出卖的家伙。他原姓魏，自宫后改名李进忠，攀附上了天启帝的乳母客氏，自此成势。出人头地后又把姓改回了魏，得了赐名“忠贤”，简直是莫大的讽刺。为了打压不断壮大的东林党，天启帝纵容魏忠贤建立阉党，与之抗衡，试图平衡东林党势力。而他自己，却躲在后宫，终日里沉迷于做木匠活计。